本書のすべてのコンパイルは / OPT の下で行われ、共有ディレクトリです。\
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fftw をダウンロード http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz\
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mpich をダウンロード http://www.mpich.org/static/downloads/3.3.2/mpich-3.3.2.tar.gz\
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lammps をダウンロード（最初の安定版を選択） https://lammps.sandia.gov/download.html
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fftw をコンパイル
cd /opt#
mkdir fftw3.3.8#
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz#
tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz#
cd fftw-3.3.8/#
./configure --prefix=/opt/fftw3.3.8 --enable-shared=yes#
make -j 4 && make install#
- mpich をコンパイル
cd /opt#
mkdir mpich3.3.2#
wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.3.2/mpich-3.3.2.tar.gz#
cd mpich-3.3.2#
./configure --prefix=/opt/mpich3.3.2#
make -j 4 && make install#
- lammps をコンパイル
ダウンロードした lammps を解凍し、フォルダに入ります。
cd /opt/lammps-3Mar20/src/MAKE#
vim Makefile.mpi#
以下の行をコメントアウトします。
LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64 # -DLAMMPS_CXX98#
変更を保存して終了します。
cd ../src#
モジュールを追加します。
make package-status //lammps の利用可能なモジュールを確認#
make yes-all#
make no-lib#
make no-ext#
make -j 4 mpi#
エラーが発生した場合はこのモジュールを削除します。
make no-ML-IAP
環境変数
export PATH=/opt/mpich3.3.2/bin:/opt/fftw3.3.8/bin:/opt/lammps-3Mar20/src:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/fftw3.3.8/lib:/opt/mpich3.3.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
以上で全てのコンパイルが完了しました。
------ 分割 --------
次に例を実行します。mpirun -np 8 lmp_mpi < in.friction
例は正常に実行されます。
GPU 版をインストールする必要がある場合
cd /opt/lammps-3Mar20/lib/gpu
vim Makefile.linux
CUDA_HOME=/usr/local/cuda-11.1
以下のパラメータの変更については **CUDA** ウィキペディアを参照してください。
チューリングハードウェア#
CUDA_ARCH = -arch=sm_75
変更が完了したら保存して終了します。
make -f Makefile.linux
cd /opt/lammps-3Mar20/src
make yes-gpu
make -j mpi
12 コアに GPU を追加して計算します。
mpirun -np 12 lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 1 -in in.friction
lammps+plumed のコンパイルについて
lammps-stable_7Aug2019 のバージョンをダウンロードする必要があります。
cd src
make lib-plumed args="-b"
make yes-all
make no-lib
make no-ext
make yes-plumed または make yes-user-plumed
make -j 8 mpi